高純氧化鎂棒防腐存在的問題如下：

1．鎂棒使用壽命有限，不能始終對熱水器進行有效保護。所謂犧牲陽極那么總有犧牲的那一天，無論早晚，鎂棒也是如此，長不過2年，短則更甚。在大型金屬設備的犧牲陽極保護中，鎂棒也是有設計壽命的，是要定期更新的。安裝在輪船上、管道上的，可以像換衣服一樣簡單更換，但在熱水器內膽中的就麻煩多了。

2．對內膽加熱管過保護。鎂棒使用的電位較負，一般在-1.7左右，這么高的電位在初期會使內膽和加熱管電位驟增形成過保護。這樣在內膽和加熱管周圍富集了大量離子，加速形成水垢。水垢覆蓋在加熱管上，影響了加熱管的散熱，使局部溫度過熱，干燒使之融化，進而形成腐蝕穿孔。有很多廠家搞不懂為什么在鎂棒的保護下，加熱管還會穿孔，其實最初的穿孔不是腐蝕，而是融化的。

3．雜質影響使用。鎂棒是一個鎂為主的合金，其中還有很多種其他金屬物質，這些物質像Fe、Ni、Cu等影響鎂棒的保護效果，而鋁則會導致老年癡呆癥。

4．高純氧化鎂棒形成很多漂浮物，堵塞噴頭。鎂棒包含很多金屬，這些金屬物質會在鎂棒消耗時分解出來，有的通過反映形成絮狀物，有的則沉積在水管上，尤其是噴頭部位，經常附著很多，影響使用。

5．部分地區產生臭水。在某些地區，水中含有大量SO42-、S2-，這些離子和鎂等金屬發生反映，形成H2S氣體，產生臭雞蛋味道。